Temuan baru mengenai “junk DNA” kemungkinan membawa kejutan :
http://www.gewo.applet.cz/health/DNA_1e.htm dikutip disini
Kutipan oleh Daniel W.
Translated by : Javatar
Sebuah grup periset yang bekerja di Human Genome Project akan mengumumkan segera bahwa mereka telah membuat penemuan baru: mereka yakin bahwa non-coding sequences (97%) dalam DNA manusia tidak lain adalah kode genetik dari bentuk kehidupan extraterrestrial yang tidak diketahui.
Non-coding sequences umum terdapat pada semua organisme yang hidup di bumi, dari mold ke ikan sampai manusia. Pada DNA manusia, mereka membentuk bagian paling besar dari genome total, kata Prof. Sam Chang, pemimpin grup. Non-coding sequences, juga disebut sebagai ”junk DNA”, telah ditemukan beberapa tahun yang lalu, dan fungsinya masih menjadi misteri. Tidak seperti gen normal, yang membawa informasi yang mesin intraseluler menggunakannya untuk mensitensis protein, enzim, dan produksi kimia lainnya oleh tubuh kita, non-coding sequences tidak pernah digunakan untuk tugas tertentu. Tidak pernah bisa dijelaskan, artinya bahwa informasi yang dibawa tidak pernah dibaca, tidak ada substansi disintesis dan mereka tidak punya fungsi apapun. Kita hanya eksis dengan hanya 3% dari DNA kita. Gen-gen sampah kelihatannya hanya enak menumpang pada kerja keras gen-gen aktif, melalui generasi ke generasi. Apakah sebenarnya junk DNA itu?
Mencoba untuk memahami asal dan arti dari junk DNA (DNA sampah), Profesor Chang menyadari bahwa pertama kali dia butuh definisi dari “junk/sampah”. Jika sampah benar-benar sampah (tidak berguna dan tidak berarti) atau berisi beberapa informasi yang tidak bisa diklaim oleh DNA yg lain untuk alasan apapun? Dia kemudian bertanya kepada seorang kenalan, Dr. Lipshutz, seorang fisikawan teoretis yang beralih menjadi spesialis sekuritas derivatif Wall Street. “Mudah”, jawab Lipshutz. “Jalankan saja sequence anda melalui sebuah software yang saya gunakan untuk menganalisis data pasar, dan akan menunjukkan jika sequence anda benar-benar sampah, “white noise”, atau disitu ada sebuah pesan.” Kelahiran analisis baru ini dengan background yang kuat di matematika, fisika dan statistik menjadi lebih dan lebih populer di perusahaan Wall Street. Mereka beralih dari gygabytes statistik pasar, mencoba untuk membuka korelasi yang berguna antara bermacam-macam index pasar (market index), dan stock individual.
Bekerja pada pagi hari dan akhir pekan, Lipshutz mencoba menunjukkan bahwa non-coding sequences tidak semuanya sampah, mereka membawa informasi. Mengkombinasikan database yang masif dari Human Genome Project dengan ribuan file data yang dibangun oleh geneticist dari seluruh dunia, Lipshutz menghitung entropi Kolmogorov dari non-coding sequences dan membandingkannya dengan entropi regular, gen-gen aktif. Kolmogorov entropy, yang diperkenalkan matematikawan terkenal Rusia setengah abad yang lalu, telah sukses digunakan untuk menghitung level kerandoman dalam sequences yang bermacam-macam, dari sequences waktu dari noise dalam radio lamps ke sequences dari huruf-huruf puisi Rusia di abah 19. Teknik ini memungkinkan periset untuk membandingkan secara kuantitatif bermacam-macam sequencessequence DNA tidaklah berbeda semacam itu, lanjut Lipshutz. “Ada noise pada keduanya namun tidaklah sampah semuanya. Jika data pasar seperti itu, saya akan pensiun secepatnya.” dan menyimpulkan mana yang membawa informasi lebih daripada yang lain. “Yang mengejutkan saya, entropi koding dan non koding
Setelah bekerja selama setahun dengan Lipshutz, Chang menyimpulkan, bahwa ada informasi tersembunyi dalam junk DNA. Namun, bagaimana seseorang mengerti artinya jika informasinya tidak pernah digunakan? Dengan sequence aktif anda mencoba melihat sel dan melihat protein apa yang dibuat menggunakan informasi. Ini tidak akan bekerja jika menggunakan gen dormant. Akan ada eksperimen untuk mengetes hipotesa; seseorang harus bersandar pada kekuatan pikirannya. Sejak disitu adalah huruf-huruf, ini harus di tes dalam beberapa bahasa kuno, mungkin Sumeria, Mesir, Ibrani, dan lainnya. Prof. Sam Chang meminta tolong tiga spesialis di bidangnya, tetapi semua tidak menemukan solusi. Tidak ada petunjuk budaya, tidak ada referensi ke bahasa lain yang diketahui, bidang ini terlalu asing untuk linguist.
“Saya bertanya pada diri saya sendiri: siapa yang bisa memecahkan (decipher) pesan tersembunyi?” Chang melanjutkan.”Tentu saja, cryptographers! ….dikutip disini…. Akhirnya Prof. Chang ditunjukkan kepada Dr. Adnan Mussaelian, seorang cryptographer berbakat di (dahulu) Republic Soviet of Armenia. Seorang yang miskin bertahan hidup dengan gaji 15 dollar per bulan dan kadang memperoleh upah dari memberi les kepada anak-anak orang kaya Armenia. Hibah sebesar 10.000 dollar merupakan sebuah keberuntungan, dia mulai bekerja layaknya seekor berang-berang (rajin sekali).
Adnan diperkuat dengan temuan pendahulunya dari Wall Street itu. Entropy mengindikasikan banyaknya informasi hampir jelas, ini bukan sistem cryptografi yang kuat, ini tidak kelihatan sesuatu yang kuat. Adnan mulai mengaplikasikan differential cryptoanalysis dan teknik standar cryptografi yang similar.
Dia sudah dua bulan dalam proyek ketika dia mengetahui bahwa semua non-coding sequence pada umumnya diawali dari satu sequence DNA pendek. Sebuah sequence yang sangat mirip biasanya diikuti oleh junk. Segemen-segmen ini, disebut para biologist sebagai alu sequences, terdapat dalam semua genome manusia. Menjadi non-coding, junk sequences sendiri, alu adalah satu dari gen umum dari semuanya.
Terlatih sebagai cryptographer dan programer komputer, dan tidak mempunyai pengetahuan tentang microbiology, Adnan mendekatkan kode genetik sebagai kode komputer. Berhubungan dengan 0,1,2,3 (empat dasar dari kode genetik) daripada dari 0 dan 1 dari kode binari adalah sulit, tetapi kode komputer merupakan yang dia analisis dan memecahkan kehidupannya. Dia dalam daerah yang familier. Simbol yang paling umum dalam kode yang menyebabkan tidak ada reaksi yang diikuti oleh sepotong kode dormant. Apakah itu? Hanya bermain dengan analogi Adnan mengambil source code dari satu programnya dan memasukannya ke program yang mengkalkulasi statistik simbol dan sequence pendek, sebuah alat yang biasa digunakan dalam pe-decoding-an pesan. Simbol apa yang umum digunakan? Tentu saja, itu adalah “/”, sebuah simbol dari comment! Dia mengambil kode Pascal, dan itu adalah { and }! Tentu saja, kode antara kedua slash dalam C tidak pernah dieksekusi, dan tidak pernah dimaksudkan untuk dieksekusi; ini bukanlah kode, ini adalah comment dari kode!
Tidak bisa menahan godaan untuk bermain dengan analogi, Adnan mulai membandingkan distribusi statistik dari comments dalam komputer dan kode genetik. Disitu harusnya ada perbedaan yang mencolok. Ini haruslah bisa ditunjukkan dengan statistik. Secara statistik, junk DNA tidak terlalu berbeda dari yang aktif, coding sequences. Untuk meyakinkan, Adnan memasukkan program ke dalam analyzer: yang mengejutkan, kode-kode statistik dan comments hampir sama. Dia melihat ke dalam source code dan menyadari bagaimana: hanya terdapat sedikit comments diantara slashes, ini kelihatannya C code sang pengarang memutuskan untuk mengeluarkannya dari eksekusi, sebuah praktek biasa dari para programer.
Adnan, seseorang yang cenderung religius, berpikir tentang tangan tuhan-tetapi setelah menganalisa spaghetti code dalam sequences dia menyimpulkan bahwa siapapun yang menulis kode kecil itu bukanlah Tuhan. Yang menulis bagian aktif koding kecil dari kode genetik manusia tidaklah terlalu terorganisir dengan baik, cenderung programer yang tidak rapi (sloppy). Kelihatannya seperti seseorang dari Microsoft, tetapi di saat kode genetik manusia ditulis, belum ada Microsoft di bumi.
Di Bumi? Seperti tersambar petir… Apakah kode genetik dari semua kehidupan di bumi ditulis oleh programer Extraterrestrial dan kemudian mengumpulkannya disini, untuk eksekusi? Ide tersebut adalah gila dan menakutkan, dan Adnan mengabaikannya dalam beberapa hari. Kemudian dia memutuskan untuk memprosesnya. Jika non-coding sequences adalah bagian dari sebuah program yang dibuang atau ditolak oleh si pembuat, harusnya ada jalan untuk membuatnya bekerja. Satu hal yang harus dilakukan adalah menyingkirkan simbol-simbol dari comments dan jika porsi antara symbols /*……*/ adalah rutin memiliki arti, ini bisa di-compile dan dieksekusi! Melanjutkan jalan pikiran ini, Adnan hanya memilih non-coding sequences yang hanya memiliki frekuensi distribusi simbol yang tepat sama sebagaimana gen-gen aktif. Prosedur ini mengeluarkan/membuang comments dalam Marcian atau Q, apapun itu. Dia memilih sekitar 200 non-coding sequences yang hampir menyerupai gen-gen riil, melucutinya /*, //, dan bahan similar dan setelah beberapa hari mengalami keraguan dia mengirim e-mail ke bos Amerikanya, menanyakan untuk mencari jalan menempatkan mereka dalam E-coli atau host apapun dan membuat mereka bekerja.
Chang tidak membalas selama dua minggu. “Saya kira saya dipecat”, ujar Dr. Mussalian. “Dari diamnya ia setiap hari, saya semakin menyadari betapa gilanya ide saya. Chang akan menganggap saya seorang schizophrenic dan akan membatalkan kontrak dengan saya. Chang akhirnya membalas saya dan, yang mengejutkan, dia tidak memecat saya. Dia tidak menerima teori extraterrestrial saya tetapi setuju untuk mencoba apakah sequences saya bekerja.”
Para biologis telah mencoba bertahun-tahun untuk membuat junk sequences berekspresi, namun tidak ada kesuksesan. Kadang tidak ada hasil; kadang menjadi sampah lagi. Ini tidaklah mengejutkan, ambil sebuah porsi dari kode komputer yang dibuang dan coba di compile lagi. Kelihatannya, akan gagal lagi. Yang terbaik, akan menghasilkan hasil yang aneh. Analisa kodenya secara hati-hati, keluarkan sejumlah fungsi dari comments, dan mungkin anda bisa membuatnya bekerja. Karena analisis statistik Mussaelian yang hati-hati, empat dari 200 sequences yang dia pilih, mulai bekerja, menghasilkan sejumlah senyawa kimia.
Saya gelisah menunggu respon dari Chang,” kata Dr. Mussalian. “Akankah ada protein lebih atau kurang atau sesuatu yang diluar kebiasaan? Jawabannya mengejutkan: ada sebuah substansi, sebagaimana diketahui diproduksi dari beberapa tipe leukimia dalam manusia dan hewan. Yang mengejutkan, tiga sequence lainnya juga menghasilkan kimia yang berhubungan dengan kanker. Ini tidak kelihatan lagi sebuah kebetulan. Ketika seseorang membangkitkan gen dormant (tidur) yang viable, ini menghasilkan protein yang berhubungan dengan kanker. Periset mulai mencari database Human Genome Project untuk empat gen yang mereka isolasi dari junk DNA. Pada akhirnya, tiga dari empat ditemukan disitu, terdaftar sebagai aktif, non-junk genes. Ini bukanlah kejutan besar: sejak jaringan kanker menghasilkan protein, disitu pasti ada sebuah gen, yang mengkodenya! Kejutan terjadi selanjutnya: di aktif, non-junk portion dari gen dalam pertanyaan (para periset menamakannya “jhlg1”, untuk gen sampah leukimia manusia) tidak diawali oleh alu sequence, i.e. simbol /* hilang. Bgaimanapun, simbol penutup */ pada akhir dari “jhlg1” ada disitu. Ini menjelaskan mengapa “jhlg1” tidak diekspresikan dalam junk DNA melainkan bekerja dengan baik pada bagian genome normal dan aktif. Seseorang yang menulis kode genetik dasar untuk manusia mengeluarkan bagian untuk kode besar dengan mengurungnya dalam /*…*/ tetapi kehilangan beberapa simbol bukaan /*. Compiler-nya kelihatan seperti sampah, juga: sebuah compiler yang bagus, meski dari terrestrial Microsoft, akan sepertinya menolak untuk meng-compile program tsb.
Prof. Sam Chang dengan mahasiswa-mahasiswanya mulai mencari gen-gen yang berhubungan dengan bermacam kanker, dan hampir secara seketika mereka menemukan bahwa gen-gen itu diikuti oleh alu sequence (sbg contoh protein sebagai sebuah simbol comment penutup */), tetapi tidak pernah diawali dengan gen comment pembuka /*. “Ini menjelaskan mengapa penyakit yang mengakibatkan kerusakan sel dan kematiannya, sedangkan kanker mendorong reproduksi dan pertumbuhan sel. Karena hanya sedikit fragmen dari kode besar yang diekspresikan, mereka tidak pernah tumbuh signifikan. Apa yang kita dapat dari kanker, adalah ekspresi dari sedikit gen alien ke manusia dan simbiosis dengan beberapa gen dari bakteri parasit yang mengarah pada gumpalan sel-sel hidup yang tidak logis, aneh, dan tanpa arti. Gumpalan (chunks) itu mempunyai vena, arteri, dan sistem kekebalan sendiri yang hebatnya bisa menahan semua obat anti kanker.
“Hipotesis kami adalah bahwa sebuah kehidupan extraterrestrial yang lebih tinggi telah membentuk kehidupan baru dan menumbuhkannya pada beberapa planet. Bumi hanyalah satu dari planet-planet itu. Mungkin, setelah melakukan pemrograman, pencipta kita menumbuhkan/mengembangkan kita seperti kita mengembangbiakan bakteri dalam cawan petri. Kami tidak mengetahui motif mereka – apakah sebuah eksperimen ilmiah, atau sebuah jalan memulai kolonisasi planet baru, atau agenda jangka panjang mengembangbiakan kehidupan di alam semesta. Jika kita berfikir mengenai ini dalam term manusia, para programer extraterrestrial kemungkinan besar bekerja pada satu kode besar terdiri dari beberapa proyek, dan proyeknya harus menghasilkan bermacam-macam bentuk kehidupan untuk beberapa planet. Mereka juga mencoba solusi yang berbeda-beda. Mereka menulis kode besar, mengeksekusinya, tidak menyukai beberapa fungsi, merubahnya atau menambah yang baru, menjalankannya lagi, membuat kemajuan, mencoba dan mencoba lagi. Tentu saja, cepat atau lambat ini di belakang schedule. Sejumlah kecil deadline yang telah dicapai. Kemudian manajemen mulai menekan untuk peluncuran segera. Para programer diperintahkan untuk memotong rencana ideal untuk masa depan dan sekarang berkonsentrasi pada project yang satu (Bumi) untuk menepati deadline. Sepertinya dalam ketergesa-gesaan, para programer memotong secara drastis kode besar dan melepaskan program basic untuk Bumi.
Bagaimanapun, pada saat mereka (mungkin) tidak terlalu yakin dengan beberapa fungsi dari kode besar nanti dibutuhkan atau tidak, jadi mereka tetap menyimpannya disitu. Daripada membersihkan program dasar dengan menghapus semua jalur-jalur dari kode besar, mereka merubahnya menjadi comments, dan dengan ketergesaan mereka lupa beberapa simbol /* dalam comment disini atau disini, kemudian ditunjukkan umat manusia dengan pertumbuhan massa sel yang tidak logis atau terkenal sebagai kanker.
Dikutip disini… “Bagaimanapun, dari kacamata programer, terdapat pandangan yang positif. Apa yang kita lihat di DNA kita adalah sebuah program berisi dua versi, big code dan basic code. Fakta pertama adalah, program utuhnya tidak ditulis di Bumi; yang sekarang sudah dibuktikan. Fakta kedua adalah, gen-gen itu sendiri tidak cukup untuk menjelaskan evolusi; pasti ada sesuatu yang lebih. Apakah itu atau dimana itu, kita tidak mengetahuinya.
Fakta ketiga adalah, tidak ada creator dari pekerjaan baru, apakah dia seorang composer, insinyur atau programmer, dari Mars atau Microsoft, akan meninggalkan pekerjaannya tanpa pilihan untuk improvement atau upgrade. Yang cerdas disini, bahwa upgrade itu telah terbungkus – “junk DNA” tidak lain adalah upgrade tersembunyi dan dormant dari basic code kita! Kita tahu bahwa kadang sinar kosmik tertentu mempunyai kekuatan untuk memodifikasi DNA. Dengan pemikiran ini, tersedia solusi yang masuk akal. Para programer extraterrestrial mungkin menggunakan hanya satu flash (kilasan) energi yang tepat dari suatu tempat di Alam Semesta untuk mengistruksikan basic code untuk menghilangkan semua simbol /**/, menggabungkannya dengan big code (“junk DNA”) dan melompat bekerja dalam seluruh DNA kita.
Kesimpulan dari artikel diatas – Bahwa akan merubah kita untuk selamanya, beberapa dari kita dalam beberapa bulan, atau dalam beberapa generasi. Perubahan ini tidak terlalu pada fisikal (kecuali tidak ada lagi kanker, penyakit, dan hidup pendek), tapi akan melompatkan kita secara intelektual. Tiba-tiba, kita berada dalam masa sebanding dengan koeksistensi Neanderthal dengan Cromagnon. Yang tua akan digantikan dengan memberikan kelahiran kepada siklus baru. Program keseluruhan adalah elegan, self-organizing yang sangat pintar, auto-executing, auto-developing dan auto-correcting software untuk komputer biologis yang sangat maju dengan koneksi built-in ke energi abadi dan kebijakan Alam Semesta. Software bijak, dalam diri kita apakah kehidupan yang pendek dan berpenyakit, atau potensial untuk super-intelligent super-being dengan hidup yang panjang dan sehat. Hal ini mendorong suatu pertanyaan – apakah reduksi pada basic code dikerjakan oleh programmer ceroboh dalam ketergesa-gesaan (sebagaimana sudut pandang kita), atau telah men-disable big code, aksi yang memiliki tujuan yang bisa dibatalkan dengan sebuah “remote control” kapanpun diinginkan?”
Cepat atau lambat, kita akan mempunyai pegangan pada gagasan yang luar biasa bahwa setiap kehidupan di Bumi membawa kode genetik dari saudara extraterrestrial dan bahwa evolusi adalah bukan seperti yang telah kita pikirkan. Penemuan ini mungkin akan mengguncang akar kemanusiaan-kepercayaan kita pada konsep Tuhan dan pada kekuatan kita dalam takdir kita….”
(Daniel W.)
